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　褐腐病
　　
　　病菇幼時受侵染，無法進行分化，后期則形成不規則的灰白色“疙瘩頭”，如菌蓋極厚如拳，或菌柄菌蓋難以區分等，且在表面著生一層“白毛”，溫度在20℃以上時，4～5天病菇色澤變暗，繼之腐爛，滲出褐色、醬油狀液汁，并腐爛、發臭；若棚溫低于20℃，該過程變長，約需7天以上。子實體生長中期受侵染，則在菌蓋表面出現褐色病斑，菌柄呈粗胖狀，繼之菇體變軟，亦滲出暗褐色液滴。切開病菇其內部組織由原來的白色變為烏白色，菇體軟腐后則變為烏褐色，并發出臭味。其主要是病菌孢子通過空氣及人為、工具等渠道傳播。
　　
　　防治措施：清理環境衛生，去年的染病老菇棚重新使用前可鏟除一層墻皮，繼之堆上秸稈點火焚燒，然后再重新扣棚，噴灑一遍多菌靈溶液，其用量為每100平方米菇棚使用50%的多菌靈純粉1公斤，對水80公斤左右，均勻噴灑，燜棚2天以后即可啟用。在溫度低于13℃時，可抑制病菌為害。刮除料面0.2～0.3厘米厚，地毯式噴灑70～100倍的百病去無蹤溶液，可有效抑制或殺死部分病原菌。也可采取預防措施，在菌袋進棚后或播種后，噴灑100～150倍百病去無蹤溶液，出菇前再加強一次，發病初期可連續噴灑2次，效果很好。
　　
　　褐斑病
　　
　　早期發病時，可使蘑菇原基發生畸形，侵染幼菇時，可使菌柄或基部出現褐色條紋，菌蓋上布有褐色斑點，病菇向一側生長，切開病菇觀察，其組織內部呈黃褐色、干燥、松散狀，菇體不腐爛、無臭味。該病初發時可能由于土壤中殘存的和空氣中飄浮的病原孢子萌發所致，而發病后的迅速蔓延則是通過人體、工具、蟲類甚至噴水時濺水傳播。
　　
　　防治措施：菇棚的處理可參考褐腐病。雙孢菇生產提倡二次發酵技術；對覆土材料應進行常規殺菌處理；菌袋進棚后或雞腿菇、雙孢菇覆土后，地毯式噴灑一遍150倍百病去無蹤；發病初期，連續噴灑100倍百病去無蹤2次以上；為害比較嚴重時清理所有病菇，停止用水，通風干燥，將病菇焚燒，清理料面并涂刷50倍百病去無蹤；對所有可能帶菌的工具、材料等均使用600倍多菌靈溶液洗刷。
　　
　　軟腐病
　　
　　又稱霜霉病等，發病后，菇床上被病菌灰白色菌絲覆蓋后，變為暗灰綠色或暗褐色，食用菌菌絲缺乏氧氣和受病菌分泌物侵染而失去活力，此后很難出菇，病害嚴重為害前發生的子實體則先從基部發病，并向上伸延至菌蓋，菌蓋初期出現淡褐色大小不一的水漬狀病斑，繼之即被病菌所覆蓋、死亡，最后腐爛，手觸即倒。其病原菌是通過覆土材料、水、蟲類及人體和空氣流動而傳播。
　　
　　防治措施：菇棚處理可參考前述。加強菇棚通風條件的改善，以盡量降低菌畦或菌墻的表面濕度，尤其在人工噴水后，更需及時通風；將基料pH值調至7左右，對耐堿品種則可調至9左右；發病初期，可見菇床表面有病菌菌絲時，可噴施 100倍百病去無蹤；病害發生較重時，可在病區撒施少量石灰粉覆蓋；大面積發生為害時，可將病菇摘除并清理料面及覆土材料，噴灑100倍百病去無蹤后，更換新處理過的覆土材料，然后再噴施150倍百病去無蹤溶液，以預防病害的發生。
　　
　　銹斑病
　　
　　為害癥狀是在菌蓋表面形成圓形或橢圓形鐵銹色病斑，病斑邊緣整齊，其中間凹陷，斑點干縮后，菌蓋裂開，形成不對稱的子實體，菌柄上較少染病，菌褶上基本沒有感染。該病為細菌性病害，各種原輔材料、覆土材料、水中均有其病菌潛伏，在15℃以上、空氣濕度大于85%時病菌即極為活躍，通過人體、空氣流動、蟲類潛入、工具攜帶等渠道傳播，尤其在濕度大、通風不良時，更易誘發該病。
　　
　　防治措施：菇棚啟用前應徹底進行消毒處理；采用發酵料栽培時，基料應腐熟均勻；發菌及出菇期間堅持噴灑百病去無蹤以達預防目的；初期發病，噴灑150倍蘑菇殺病靈溶液即可；發病較重時，可清除病菇，清理料面，對制70倍左右蘑菇殺病靈溶液連續噴灑2次以上；日常管理時，應保持空氣濕度在85%左右，勿過高，并堅持合理通風，尤其在噴水后，應使菌蓋表面水分在1 小時內蒸發掉，否則，停留時間過長易誘發該病。
　　
　　黃斑病
　　
　　染病初期菌蓋上有小斑點狀淺黃色斑，隨著子實體的生長而擴大范圍及傳染其它子實體，繼之色澤變深，并擴大到整個菌蓋，染病后期菇體分泌出黃褐色水珠，病株停止生長，繼而萎縮、死亡。
　　
　　該病菌喜高溫高濕環境，尤其當溫度穩定在20℃以上、濕度95%以上而且二氧化碳濃度較高的條件下，極易誘發此病；在基料及菇棚內用水不潔時，該病的發病率也很高。
　　
　　防治措施：加強通風，使棚內二氧化碳濃度降至0.5%以下；降低棚濕，尤其在需保溫的季節或時間段里，控制空氣濕度在85%左右；發病初期，噴灑70倍蘑菇殺病靈或黃菇一噴靈溶液2次，即可有效抑制；發病中期以后，應摘除病菇，結合清理料面并打掃衛生后，對制50～70倍蘑菇殺病靈溶液連續噴灑2～4 次。但應注意，噴藥后封棚1～2小時，然后加強通風，降低棚溫。
　　
　　著色病
　　
　　幼菇菌蓋由灰褐、黑褐色變為局部或全部黃色、焦黃色或瓦藍色，使子實體生長受抑，長速明顯減緩，長成畸形菇或菌蓋皺縮上翹，嚴重影響商品質量。
　　
　　防治措施：該病發生原因是低溫季節使用煤爐升溫時，棚內一氧化碳、二氧化碳濃度較高，子實體吸入該類氣體后形成短期中毒癥狀，但菌蓋(尤其邊緣)變色；質量不好的塑料棚膜中的一些化學物質，被冷凝水析出后滴落在子實體上，亦可發生該類病害，往往以使菌蓋變為黃焦色居多；覆土材料中的某些藥殘成分、噴霧器中的藥物殘留、外界某些有害氣體的侵入等，也可導致該問題的發生。菇農應根據生產的具體情況，找出致病原因，“對癥下藥”解決即可，不可盲目用藥。